在選擇工藝方案之前必須根據水環境評價、水質規劃等方面的材料，明確廢水處理的水質目標或排放標準。以確定或確認廢水處理廠的具體出水水質要求和排放方式、排放總量或出水濃度(日平均或月平均)，并找出所有能夠滿足排放要求的工藝方案，然后進行逐步篩選。
在工程方案選擇過程中還需要考慮除磷工藝的各個方面，包括工藝性能、設備器材性能、單元構筑物、處理系統的運行操作和維護等。需要著重考慮的因素包括:所要求的除磷能力、相關水質指標間的兼容性、處理規模、污泥處理處置問題近期及遠期排放要求、總體費用、對運行管理的影響等。另一方面，工程方案的選擇要有一定的靈活性，除了仔細研究各種可能工藝的性能及其他相關資料外，可盡量考慮參觀和訪問相關廢水處理廠、設備制造廠商和運行管理人員，這樣做往往能獲得更準確、更新的實用資料和經驗，有助于準確決策。
生物除磷的優點
①生物除磷工藝的污泥量與常規生物處理的系統相近
②可以在現有推流式活性污泥法處理系統中直接實施，設備的增加和更改量很小
③如果污泥處理過程中磷不會溶解并返回處理廠的話，可以利用已有的污泥處理設備，進行處理工藝改造
④除了Phostrip （測流除磷工藝）工藝和出水精處理外,不需要藥劑和投加設備，或需要量極小
⑤可以同時實現氨氮或總氮的去除，部分工藝甚至不增加運行費用
⑥對部分工藝,可以有效地控制絲狀菌的生長
生物除磷的缺點
①除了 Phostrip（測流除磷工藝），其他工藝的除磷性能均受廢水BOD/TP比值
②二沉池的性能良好才能獲得出水 TP 1g/L的處理效果
③不大適合固定膜處理系統的改造
④在污泥處理過程中有可能出現磷的釋放并返回到廢水處理系統中，因此污泥處理回流液的含磷量必須加以控制
⑤可能需要設置備用加藥系統,以防生物除磷系統發生故障或失效